Jobs

Project Background.
We are seeking a motivated PhD student to join our research team in developing advanced methods for phylogenetic network analysis, with a specific focus on network consensus algorithms. Significant progress has been made in consensus tree methodologies. A consensus tree is a phylogenetic tree that synthesizes multiple phylogenetic trees, each with the same leaf labels but possibly differing topologies. These trees are often generated through bootstrapping or other sampling techniques. Traditional approaches to consensus tree construction focus primarily on topological aspects, often overlooking the importance of branch length, which captures the temporal progression of genetic mutations. However, in the context of consensus networks, very few studies have introduced relevant concepts.

Project Objective.
Our project addresses this limitation by integrating branch-length data not only into the construction of consensus trees but also into network consensus construction. This more comprehensive approach aims to provide a richer and more accurate representation of evolutionary relationships by combining topological structure, branch frequency, clade frequency, and branch length.

The candidate must hold a Master’s degree in Mathematics, Computer Science, or Bioinformatics with a strong overall GPA.
Compensation: non-taxable scholarship of +20,000 CAD per year.

To apply, please send your CV, list of peer-reviewed articles (optional), and a cover letter to: Prof. Nadia Tahiri

Laboratory: Bioinformatics and Proteomics Laboratory (ADLab) – Prof. Arnaud Droit. The laboratory specializes in the development of advanced computational methods and artificial intelligence and statistical approaches for the analysis of massive datasets. ADLab collaborates with academic and industrial partners internationally and has high-performance computing infrastructure. Institution: Faculty of Medicine, Université Laval, Quebec City, Canada

Job Description: Prof. Arnaud Droit’s laboratory (ADLab) is recruiting a bioinformatics student to work on the analysis of proteomics data generated by latest-generation mass spectrometers. This research will be conducted as part of the fight against antibiotic resistance, which represents a major threat to public health. This issue is a consequence of the overuse of antibiotics, which promotes the emergence of resistant bacteria, making many infections difficult to treat. It is therefore crucial to develop new approaches to detect and counter these resistances. The candidate will contribute to the development of computational tools for the analysis and validation of proteomics data, as well as the application of machine learning methods for identifying diagnostic biomarkers in biological fluids (detection of bacteria, treatment resistance, etc.).

Laboratoire : Laboratoire de Bioinformatique et Protéomique (ADLab) – Pr. Arnaud Droit. Le laboratoire est spécialisé dans le développement de méthodes computationnelles avancées et d’approches statistiques pour l’analyse de données massives. ADLab collabore avec des partenaires académiques et industriels à l’échelle internationale et dispose d’infrastructures de calcul de haut niveau.

Institution : Faculté de Médecine, Université Laval, Québec, Canada

Description du poste : Le laboratoire du Pr. Arnaud Droit (ADLab) recrute un(e) doctorant(e) en informatique pour développer et appliquer des algorithmes quantiques, destinés à l’analyse de données biologiques. Le projet s’articulera autour de la conception de solutions algorithmiques innovantes, appliquées à des problématiques de bioinformatique. Le ou la candidat(e) intégrera un environnement de recherche dynamique avec accès à des infrastructures de calcul avancées et des collaborations internationales.

Laboratoire : Laboratoire de Bioinformatique et Protéomique (ADLab) – Pr. Arnaud Droit. Le laboratoire est spécialisé dans le développement de méthodes computationnelles avancées et d’approches d’intelligence artificielle et statistiques pour l’analyse de données massives. ADLab collabore avec des partenaires académiques et industriels à l’échelle internationale et dispose d’infrastructures de calcul de haut niveau.

Institution : Faculté de Médecine, Université Laval, Québec, Canada

Description du poste :
Le laboratoire du Pr. Arnaud Droit (ADLab) recrute un(e) étudiant(e) en bioinformatique pour travailler sur l’analyse de données de protéomique issues de spectromètres de masse de dernière génération. Cette recherche s’effectuera dans le cadre de la lutte contre l’antibiorésistance, qui représente une menace majeure pour la santé publique. Cette problématique est la conséquence de la surutilisation des antibiotiques qui favorise l’émergence de bactéries résistantes, rendant de nombreuses infections difficiles à soigner. Il est ainsi crucial de développer de nouvelles approches pour détecter et contrer ces résistances. Le ou la candidat(e) contribuera ainsi au développement d’outils informatiques pour l’analyse et la validation de données protéomiques ainsi qu’à l’application de méthodes d’apprentissage automatique pour l’identification de biomarqueurs diagnostiques dans des fluides biologiques (détection de bactéries, résistance aux traitements, etc.).