Institution/Company:

Centre de recherche du CHU Sainte-Justine - Laboratoire du Dr Jacquemont

Location:

Montreal

, Quebec

 Canada

Job Type:

Analyst

Degree Level Required:

PhD

335 days ago Apply now
Description:
Reporting to Dr. S. Jacquemont, the Bioinformatician/Data-Manager will be responsible for identifying, annotating, and analyzing genetic variants from genotyping and sequencing data (exome and whole genome) as part of a project exploring the impact of genetic variants on cognition, behavior, and psychiatric and neurodevelopmental traits. They will also supervise the work of other bioinformaticians in the lab and all students working with available data on servers. The candidate will be responsible for organizing data, optimizing analysis protocols and pipelines developed in the lab in collaboration with other team members. Additional responsibilities include managing information assets (web applications and servers) for the team, writing documentation, quality assurance, writing automated tests, and maintaining code. Willingness to work closely with team members as well as collaborators is essential. The candidate must learn quickly and willingly, have excellent organizational skills, be able to work independently and communicate effectively orally and in writing.

Sous la responsabilité du directeur du Dr Jacquemont, le bioinformaticien/data-manager devra identifier, annoter et analyser des variants génétique à partir de données de génotypage et de séquençage (exome et génome complet). Le projet explore l’impact de variants génétiques sur la cognition, le comportement et les traits psychiatriques et neurodéveloppementaux. Il devra également superviser le travail des autres bioinformaticiens du laboratoire et de tous les étudiants qui travaillent sur les données disponibles sur les serveurs. Il sera responsable de l’organisation des données, de l’optimisation des protocoles d’analyse et des pipelines développés au laboratoire en collaboration avec les autres membres de l’équipe.

Description du poste :
Projet
Laboratoire de recherche du Dr Sébastien Jacquemont.
http://minds-genes.org/
Responsibilities:

Additional responsibilities consist of managing the team’s information assets (web applications and servers), writing documentation, quality assurance and writing automated tests, and maintaining code. A willingness to work closely with team members as well as with our collaborators is essential. The candidate must learn quickly and willingly, have excellent organizational skills, be able to work independently and communicate effectively orally and in writing. The candidate will be responsible for:

  • Identification, annotation, and analysis of structural genomic variants. Data to be analyzed includes genotyping data on 800,000 individuals and sequencing data (exome and whole genome) on approximately 150,000 individuals;
  • Supervision of students working with generated data (access, sharing, and adherence to good procedures);
  • Management and coordination of bioinformatics work in the laboratory;
  • Development and writing of data processing procedures in the laboratory;
  • Organization and prioritization of data on servers (Compute Canada);
  • Documentation and communication on the process of analysis, results, tools, and techniques used;
  • Interaction with laboratory members to develop analysis strategies.

Des responsabilités supplémentaires consistent en la gestion des actifs informationnels (applications web et serveurs) de l’équipe, la rédaction de documentation, l’assurance-qualité et l’écriture des tests automatisés, et la maintenance du code. Une volonté de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec nos collaborateurs est indispensable. Le candidat doit apprendre rapidement et volontairement, avoir un excellent sens de l’organisation, être capable de travailler de manière indépendante et de communiquer de façon efficace oralement et par écrit. Le candidat sera responsable de :

  • Identification, annotation, analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 150 000 individus;
  • Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées (accès, partage et respect des bonnes procédures);
  • Gestion et coordination du travail en bio-informatique du laboratoire;
  • Développement et rédaction des procédures de traitement des données dans le laboratoire;
  • Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs (Compute Canada);
  • Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
  • Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses
Qualifications:

Requirements and skills

  • Level of education: PhD in bioinformatics, genomics, or computer science with solid knowledge in genetics;
  • Good knowledge of scripting languages (Python, PHP, Bash) or programming languages (Java, C++, MATLAB);
  • Familiarity with the Linux operating system;
  • Some experience with relational databases (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
  • Knowledge of basic statistical methods and the R language;
  • Experience in programming in the field of bioinformatics;
  • Functional bilingualism;
  • Ability to work in a group on multiple projects;
  • Good data management skills;
  • Experience in project and personnel management;
  • Experience working on compute clusters.

Exigences et aptitudes

  • PhD en bioinformatique, en génomique ou en informatique avec de solides connaissances en génétique;
  • Bonne connaissance des langages de Scripting (Python, PHP, Bash) ou de programmation (Java, C++, MATLAB);
  • Connaissance avec le système d’exploitation Linux;
  • Une certaine expérience avec les bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
  • Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
  • Expérience en programmation dans le domaine de la bio-informatique;
  • Bilinguisme fonctionnel;
  • Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
  • Bonne compétence en « Data management »;
  • Expérience en gestion de projets et de personnel;
  • Expérience de travail sur les clusters de calculs.
Additional Information:

Employment Conditions:
Union of Employees of the CHU Sainte-Justine Research Center (SECR)
Salary scale: Bioinformatician Level 4 – To be discussed
Lead Researcher: Dr. Sébastien Jacquemont
Position: Regular full-time (35 hours per week)
Expected start date: April 2023
Other: The candidate will also be required to travel, as needed, to the GQ/McGill Innovation Center.

IMPORTANT: we would like to specify that foreign candidates must have a valid work permit for the CHU Sainte-Justine. Any work permit with the following condition will not be eligible: “Not authorized to work in a job related to childcare, primary or secondary education, health care.”

Conditions d’emploi
Syndicat des employés du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine (SECR)
Échelle salariale: Niveau 4 – à discuter
Chercheur responsable: Dr Sébastien Jacquemont
Poste : Régulier à temps complet (35 heures par semaine)
Date prévue d’entrée en fonction : Avril 2023
Autre : Le candidat sera également appelé à se déplacer, en fonction des besoins au Centre d’Innovation de GQ/McGill.

IMPORTANT : nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : « Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants, à l’enseignement au primaire ou au secondaire, au domaine de la santé.”

Remarques :
Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but d’alléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe d’accès à l’égalité en emploi et invite les femmes, les membres des minorités visibles et des minorités ethniques, les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.
Keywords:

bioinformatician

data manager

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