Research Bioinformatician Level 4 / Data Manager | Bioinformaticien de recherche Niveau 4 / Data Manager

Additional responsibilities consist of managing the team’s information assets (web applications and servers), writing documentation, quality assurance and writing automated tests, and maintaining code. A willingness to work closely with team members as well as with our collaborators is essential. The candidate must learn quickly and willingly, have excellent organizational skills, be able to work independently and communicate effectively orally and in writing. The candidate will be responsible for:

• Identification, annotation, and analysis of structural genomic variants. Data to be analyzed includes genotyping data on 800,000 individuals and sequencing data (exome and whole genome) on approximately 150,000 individuals;
• Supervision of students working with generated data (access, sharing, and adherence to good procedures);
• Management and coordination of bioinformatics work in the laboratory;
• Development and writing of data processing procedures in the laboratory;
• Organization and prioritization of data on servers (Compute Canada);
• Documentation and communication on the process of analysis, results, tools, and techniques used;
• Interaction with laboratory members to develop analysis strategies.

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Des responsabilités supplémentaires consistent en la gestion des actifs informationnels (applications web et serveurs) de l’équipe, la rédaction de documentation, l’assurance-qualité et l’écriture des tests automatisés, et la maintenance du code. Une volonté de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec nos collaborateurs est indispensable. Le candidat doit apprendre rapidement et volontairement, avoir un excellent sens de l’organisation, être capable de travailler de manière indépendante et de communiquer de façon efficace oralement et par écrit. Le candidat sera responsable de :

• Identification, annotation, analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 150 000 individus;
• Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées (accès, partage et respect des bonnes procédures);
• Gestion et coordination du travail en bio-informatique du laboratoire;
• Développement et rédaction des procédures de traitement des données dans le laboratoire;
• Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs (Compute Canada);
• Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
• Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses

Requirements and skills

• Level of education: PhD in bioinformatics, genomics, or computer science with solid knowledge in genetics;
• Good knowledge of scripting languages (Python, PHP, Bash) or programming languages (Java, C++, MATLAB);
• Familiarity with the Linux operating system;
• Some experience with relational databases (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
• Knowledge of basic statistical methods and the R language;
• Experience in programming in the field of bioinformatics;
• Functional bilingualism;
• Ability to work in a group on multiple projects;
• Good data management skills;
• Experience in project and personnel management;
• Experience working on compute clusters.

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Exigences et aptitudes

• PhD en bioinformatique, en génomique ou en informatique avec de solides connaissances en génétique;
• Bonne connaissance des langages de Scripting (Python, PHP, Bash) ou de programmation (Java, C++, MATLAB);
• Connaissance avec le système d’exploitation Linux;
• Une certaine expérience avec les bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
• Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
• Expérience en programmation dans le domaine de la bio-informatique;
• Bilinguisme fonctionnel;
• Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
• Bonne compétence en « Data management »;
• Expérience en gestion de projets et de personnel;
• Expérience de travail sur les clusters de calculs.