Postdoctoral Fellow: Medical Microbiology Sequencing-Based Diagnostics

Postdoctoral Fellow in Bioinformatics

Modernizing Medical Microbiology Sequencing-Based Diagnostics

We are seeking a postdoctoral fellow to join a multidisciplinary research program focused on modernizing next generation sequencing-based diagnostics in infectious diseases. The project sits at the interface of clinical microbiology and translational genomics, with the objective of developing and implementing tools with tangible clinical applications.

The research program is structured around three main axes: (1) cell-free DNA metagenomic next-generation sequencing (cfDNA mNGS) from clinical samples, (2) antimicrobial resistance (AMR) prediction and genotypic drug susceptibility testing (DST) pipelines, and (3) molecular epidemiology and comparative bacterial genomics.

The position is based at the Centre hospitalier de l’Université de Montréal and the Centre de recherche du CHUM, within a highly collaborative environment integrating clinical services, reference laboratories, and public health partners.

Applicants should submit their Curriculum vitae and a brief statement of interest to simon.grandjean.lapierre@umontreal.ca and alexandre.pellan-cheng@etsmtl.ca. Applications will be reviewed on a rolling basis.

We are committed to equity, diversity, and inclusion and encourage applications from individuals of all backgrounds.

Postdoctorat en bioinformatique

Modernisation des outils diagnostics basés sur le séquençage en microbiologie médicale

Nous sommes à la recherche d’un·e stagiaire postdoctoral·e pour se joindre à un programme de recherche multidisciplinaire visant à moderniser les outils diagnostics basés sur le séquençage de nouvelle génération en maladies infectieuses. Le projet se situe à l’interface entre la microbiologie clinique et la génomique translationnelle, avec pour objectif de développer et de mettre en œuvre des outils ayant des applications cliniques concrètes.

Le programme de recherche est structuré autour de trois axes principaux : (1) le séquençage métagénomique de l’ADN libre circulant (cfDNA mNGS) à partir d’échantillons cliniques, (2) la prédiction de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et les pipelines de tests de sensibilité génotypiques (DST), et (3) l’épidémiologie moléculaire et la génomique bactérienne comparative.

Le poste est basé au Centre hospitalier de l’Université de Montréal et au Centre de recherche du CHUM, au sein d’un environnement hautement collaboratif intégrant services cliniques, laboratoires de référence et partenaires de santé publique.

Les candidat·e·s doivent soumettre leur curriculum vitae et une brève lettre d’intérêt à  simon.grandjean.lapierre@umontreal.ca et alexandre.pellan-cheng@etsmtl.ca. Les candidatures seront évaluées au fur et à mesure de leur réception.

Nous sommes engagés envers l’équité, la diversité et l’inclusion et encourageons les candidatures de personnes issues de tous les horizons.

Responsibilities

• Support implementation and optimization of existing bioinformatics pipelines
• Develop and maintain pipelines for genomic and metagenomic analyses
• Contribute to clinical validation and deployment of NGS-based diagnostics
• Support research projects in microbial genomics and infectious diseases
• Collaborate within clinicians, microbiologists, and data scientists

Responsabilités

• Soutenir l’implantation et l’optimisation de pipelines bio-informatiques existants
• Développer et maintenir des pipelines d’analyses génomiques et métagénomiques
• Contribuer à la validation clinique et au déploiement de diagnostics basés sur le séquençage
• Appuyer des projets de recherche en génomique microbienne et maladies infectieuses
• Collaborer avec des cliniciens, microbiologistes et scientifiques des données

Qualifications

• PhD in bioinformatics, computational biology, or a related field
• Strong programming skills (e.g., Python, R)
• Experience in genomic data analysis
• Experience in infectious diseases, microbiology, or public health genomics

Qualifications

• Doctorat en bio-informatique, biologie computationnelle ou domaine connexe
• Solides compétences en programmation (p. ex., Python, R)
• Expérience en analyse de données génomiques
• Expérience en maladies infectieuses, microbiologie ou génomique en santé publique