M.Sc. / Ph.D. student in bioinformatics for liquid biopsy

Project description:

When a tumor cell dies, its contents are dispersed into the bloodstream and can serve as a biomarker for cancer. Liquid biopsies thus offer a new alternative for cancer diagnosis by detecting cancer markers in the blood. In this context, our lab is developing cutting-edge molecular and computational methods to improve on the sensitivity and specificity of circulating tumor DNA (ctDNA). Our team has access to the CRCHUM’s institutional biobanks and thus has opportunities to create ctDNA assays for many different cancer types, including ovarian, head & neck, lung, skin and bladder cancer. This research project will enable graduate students to develop an expertise in next generation sequencing, bioinformatics, machine learning, oncology and genomics.

Pre-requisites:

We are looking for students who are passionate about biomedical research and being part of the state-of-the-art. Therefore, we are looking for candidates with:

• Scientific curiosity, strong motivation, initiative and team work
• Training in molecular biology or programming (python, R, C++)

Note:

We are looking for motivated students to join our lab as graduate students (M.Sc., Ph.D.) for thesis work.

Description générale du projet :

Lorsqu’une cellule tumorale meurt, son contenu est versé dans la circulation et peut servir en tant que biomarqueur pour le cancer. Les biopsies liquides ouvrent donc une nouvelle ère dans le diagnostic du cancer, en rendant possible la détection de tumeurs à partir d’un simple prélèvement sanguin. Dans ce contexte, notre laboratoire développe des technologies moléculaires et informatiques pour améliorer la sensibilité et la spécificité de la détection de l’ADN tumoral (ctDNA). Via les biobanques institutionnelles du CRCHUM, notre équipe a accès à une large cohorte de patients atteints de divers cancers (ovaire, tête et cou, vessie, poumon, mélanome). Ainsi, ce projet de recherche permettra à l’étudiant.e sélectioné.e de développer une expertise en next generation sequencing, bioinformatique, apprentissage machine, oncologie et en génomique.

Exigences et pré-requis :

Nous recherchons des étudiant.es passioné.es par la recherche biomédicale et les technologies de pointe. Les compétences désiré.es des candidat.es sont :

• Curiosité scientifique, motivation, initiative et esprit d’équipe
• Formation en biologie moléculaire ou en programmation (python, R, C++)

Note:

Cette position est offerte aux étudiant.es qui souhaitent obtenir leur maitrise ou leur doctorat dans notre laboratoire.

• Preparing next generation sequencing libraries
• Design bioinformatic & machine learning workflows to improve ctDNA detection
• Participate in results dissemination through conference presentation
• Participate in manuscript writing
• Collaborate with a diverse team of research associates, oncologists and fundamental researchers