Bioinformatics applied to metabolomics and nutrition

Institution/Company:
Université Laval
Location:
Québec, QC, Canada
Job Type:
  • Staff
Degree Level Required:
Masters
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Bioinformatics applied to metabolomics and nutrition

Le (la) candidat(e) se joindra à l’équipe des plateformes de l’INAF. La mission principale du (de la) candidat(e) sera d’effectuer des analyses bio-informatiques dans le but d’identifier des composés et métabolites secondaires biologiquement actifs dans les aliments, de même que ceux retrouvés dans des fluides, tissus biologiques ou dans des eaux fécales coliques après digestion. Les données auront été produites en collaboration avec l’équipe en place et par l’entremise d’analyses métabolomiques ciblées et non ciblées par chromatographie liquide (UHPLC), par spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) et par mobilité ionique. Chaque analyse est effectuée en réponse aux besoins des utilisateurs académiques et industriels. Sous la supervision du responsable de la plateforme de métabolomique, il (elle) effectuera principalement l’analyse de données pour la recherche de biomarqueurs et la quantification de petites molécules. Le (la) candidat(e) pourrait aussi être amené à effectuer des analyses bio-informatiques à partir de données de séquençage à haut débit (génomique, transcriptomique, métagénomique, etc.) selon les demandes des clients des plateformes. Il (elle) pourrait être amené à former les étudiants et utilisateurs lorsque désiré. Il (elle) pourrait être amené à participer au développement de nouvelles méthodes et outils d’analyse de données.

Responsibilities:

La professionnelle ou le professionnel de recherche de catégorie II participe à l’identification des objectifs du projet de recherche et à l’analyse des résultats. Elle ou il effectue les études et les recherches en découlant.

Elle ou il s’acquitte des principales tâches d’un projet de recherche et peut assister la chercheure ou le chercheur responsable dans d’autres activités de recherche. (II.a) Elle ou il travaille sous une supervision minimale pour bon nombre de tâches et est responsable de la qualité et de la pertinence des résultats des personnes qu’elle ou qu’il supervise. (II.b) Elle ou il planifie la mise en place et l’administration d’outils ou de systèmes de collecte de données. (II.d) Elle ou il peut être appelé à améliorer ou à adapter des méthodes déjà existantes. (II.d) Elle ou il participe à la formation et la supervision d’étudiantes ou d’étudiants et de professionnelles et professionnels de recherche en lien avec la recherche. (II.e) Elle ou il analyse et interprète les résultats de recherches selon des méthodes prévues ou d’usage et diffuse les résultats. Elle ou il peut être appelé à rédiger des rapports. (II.f) Elle ou il peut réaliser diverses tâches administratives liées au projet. (II.g) Elle ou il peut superviser le travail d’autres personnes, notamment des professionnelles ou professionnels de recherche de catégorie I (II.i)

Qualifications:

Le (la) candidat(e) devra avoir une de formation de chimiste/biochimiste/bio-informaticien avec de bonnes connaissances en analyse de données en métabolomique et en statistique ainsi que des connaissances théoriques et pratiques de la spectrométrie de masse, de la chromatographie en phase liquide, de l’identification des patrons de fragmentations de petites molécules et des composés bioactifs. Une expérience avec différents logiciels d’analyses de données en métabolomique ainsi que la maîtrise du langage R et/ou Python sont des atouts. Une connaissance de l’analyse de données en génomique / transcriptomique / métagénomique / métataxonomique est un atout important. Il faut bien parler, comprendre et écrire en français et en anglais.

Additional Information

https://www.spla.ulaval.ca/compte/offre?offre=359734

Keywords: